Und alle haben geschwiegen erzählt die große Liebesgeschichte des jungen Mädchens Luisa die im kirchlichen Erziehungsheim auf ihren Leidensgenossen Paul trifft. Hier erfahren sie beide die ganze Härte des Systems, werden seelisch und körperlich misshandelt und dienen als billige Arbeitskräfte. Besonders Schwester Ursula scheint es auf Luisa abgesehen zu haben. Während Luisa zur offenen Rebellion neigt, plant der stille Paul heimlich ihre gemeinsame Flucht, um dem Grauen zu entkommen. Doch ihre Freiheit währt nur wenige Stunden.
