Das betuliche Vorstadtleben hat Pee-wee Herman (Paul Reubens) aufgegeben, er lebt nunmehr zurückgezogen auf einer Farm mit zahlreichen Tieren und einem botanischen Garten, in dem er mithilfe obskurer Substanzen u.a. Hot Dog-Bäume züchtet. Die Ortsansässigen scheinen von Pee-wees Anwesenheit jedoch ungleich weniger begeistert als seine Lunch-Freundin Winnie (Penelope Ann Miller), was sich auch mit dem Einzug eines großen Zirkusvereins unter Leitung von Mace Montana (Kris Kristofferson) nicht ändert: Nachdem ein großer Sturm über den Bauernhof zog, tummeln sich auf Pee-wees Farm nicht nur seltsame Wolfsjungen, Hermaphroditen und Winzlinge, sondern auch die italienische Schönheit Gina (Valeria Golino), die schnell das Herz des verträumten Einsiedlers gewinnt.
