Der kleine Michael Dean (Seth Adkins) hat gerade eine echt coolen neuen Freund gefunden: Clemens ist komisch, clever und ein Handkanten schwingender, Salto schlagender Kung-Fu-Experte. Und ein Chimpanse ist er übrigens auch. Die ausgeflippte Familienkomödie Funky Monkey setzt von Anfang an auf Action. Es beginnt damit, dass der Chimpansentrainer Alec McCall (Matthew Modine) Clemens aus dem Labor von Zoology International Technology (ZIT) befreit. Dieses schurkische Unternehmen versucht nämlich, den Affen in eine gefährliche Waffe zu verwandeln und so die Weltherrschaft zu übernehmen. Auf ihrer Flucht müssen die beiden dann eine Mission vollbringen, die sich als viel komplizierter erweist als die Machenschaften von ZIT: Der tollpatschige Michael soll nun endlich lernen, sich seiner Haut zu wehren und auch das Mädchen seiner Träume zu erobern. Doch fast heißt es dann Mission: Impossible, denn plötzlich tauchen ZIT-Schlägertypen auf - und die stehen überhaupt nicht auf Affentheater.
