Die Erde wird von mysteriösen Wesen heimgesucht und nur eine Waffe kann diese abhalten: Die Hundred! Auf der Marine-Akademie Little Garden werden Schüler ausgebildet, Slayer zu werden. Das sind Leute, die die Kriegskunst beherrschen und mit den Hundred kämpfen. Hayato Kisaragi tritt dieser Akademie bei, um eines Tages mal diese Waffe in seinen Händen zu halten. Doch nach der Aufnahme muss er sich auch gleich mit der Königin der Slayer duellieren: Claire Harvey! Als ob das nicht genug wäre, passiert ihm auch noch etwas Komisches. Er verspürt eigenartigerweise eine vertraute Bindung zu seinem Mitbewohner Emil Crossford, die er sich nicht erklären kann …
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