Masaru Daimon, un chico de 17 años con bastante temperamento, se encuentra inesperadamente con Agumon, un digimon que había escapado de la organización gubernamental secreta DATS. Estos se retan a una pelea, llegando a un empate, por lo que terminan aceptándose el uno al otro, haciéndose amigos. Es cuando comienzan a aparecer digimons en la ciudad, causando estragos. Tras vencer Masaru a Kokatorimon, él y su reciente amigo Agumon, son detenidos y llevados al cuartel de DATS. Esta organización tiene como misión principal la de bloquear la acción de cualquier digimon que aparezca en el mundo real de la manera más silenciosa, llevándolos de vuelta al mundo digital de donde provienen y borrando las memorias de los ciudadanos que han llegado a ver a uno de estos seres. Por tanto, la existencia de los digimon sólo es conocida por los miembros de DATS, de la que Masaru termina formando parte.
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