1500 avant le début de la série, le mal prit presque le dessus sur le monde. Le Grand Maître Dashi, des Xiaolin, usa de ses multiples objets magiques, les Shen Gong Wu, pour supprimer toutes les menaces. Il parvint finalement à emprisonner la sorcière Wuya des Heylin dans une petite boite de puzzle en bois, et passa toute sa vie à cacher ses Shen Gong Wu partout dans le monde. De nos jours, quatre jeunes gens issus de différentes parties du globe sont réunis au Temple Xiaolin moderne pour préparer leur vie en tant que les légendaires "Dragons Xiaolin". Peu après, Jack Spicer, un jeune savant fou obsédé par la conquête du monde, libère accidentellement Wuya, désormais réduite à l'état d'esprit, et des Shen Gong Wu commencent à se révéler dans différentes parties du monde. Alors que Spicer et Wuya s'allient pour mettre la main sur tous ces puissants objets, les Dragons Xiaolin commencent avec eux une véritable compétition pour mettre la main dessus...
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