Jérémie, Aelita, Yumi, Ulrich, Odd et William retournent à leur vie quotidienne d'élèves du Collège Kadic. Mais XANA, le programme multi-agents qui était devenu leur ennemi mortel et qu'ils étaient parvenus à détruire dans leurs précédentes aventures, réapparaît. Les Lyoko Guerriers réactivent le supercalculateur afin de retourner sur Lyoko, découvrir les raisons de cette réapparition et y mettre un terme avant que la Terre ne soit de nouveau menacée.
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