Сюжет мультсериалов постепенно собирает всех известных супергероев вселенной DC Comics в единую полувоенную организацию, а также в 3 сезоне Justice League Unlimited к аналогичному сплочению приходят и все суперзлодеи. Это история о супергероях, изначально объединённых борьбой с инопланетным вторжением и оставшихся после него командой для организованной защиты Земли. У истоков организации стоят Супермен, Бэтмен, Зелёный Фонарь (Джон Стюарт), Флэш (Уолли Уэст), Чудо-женщина (Диана), Марсианский охотник (Дж’онн Дж’онзз) и танагарианка Орлица (Шаера Холл). Их штабом стала Сторожевая башня на орбите Земли, построенная на деньги Бэтмена, погибшая при победе над танагарианцами, позже восстановленная, а впоследствии перенесённая на Землю. Большую часть команды телепатически позвал Дж’онн Дж’онзз — перед лицом угрозы со стороны Белых Захватчиков.
Эпизоды для этого сезона недоступны.
