Hellboy'u yetiştiren babası Profesör Trevor, yıllar önce insanlarla mistik yaratıklar arasında yaşanan eski bir savaşın anlatıldığı bir masaldan bahsetmiştir. Bu masala göre bir cin, yalnızca Elves Kralı ve onun soyundan gelenlerin kontrol edebileceği bir ordu yaratır. Altın Ordu'nun yaptığı katliamın bir daha olmaması için Kral Balor, bir karar alır. İnsanlar şehirlerinde yaratıklar da ormanlarında yaşayacaklardır. Bunu kabul etmeyen oğlu Nuada, krallığı terk edecektir. Fakat günümüzde ortaya çıktığında Altın Ordu'yu tekrardan oluşturup insanlığı yok etmek için uğraşacaktır. Onu durdurmaksa Hellboy ve ekibinin görevidir.
