Dördüncü Etki'nin ardından, Evangelion'ları olmadan mahsur kalan Shinji, Asuka ve Rei, harap olmuş Dünya gezegeninde hâlâ var olan ender insanlık ceplerinden birine sığınır. Orada her biri, bir Evangelion pilotu olarak günlerinden çok farklı bir hayat yaşıyor. Ancak, dünya için tehlike henüz geçmiş değil. Ufukta yeni bir etki beliriyor; bu, Evangelion'un gerçek sonu olacak.
